هر دو رویکرد شناختی - رفتاری و درمان فراشناختی تاکید می نمایند که محتوای باورها و افکار، نوع اختلال تجربه شده را تعیین می کنند.
افکار مربوط به خطر موجب اضطراب می شوند و افکار مربوط به فقدان و بی ارزش شمردن خود، به احساس غمگینی منجر می شوند.
درمان فراشناختی ادعا می کند که این نوع محتوا موجب اختلال نمی شود، چون اکثر افراد این نوع افکار را دارند، اما در بسیاری از آدمها هیجان های منفی موقتی و گذرا هستند.
اختلال هیجانی مشکلی است که در آن فرد گرفتار حالت پریشانی می شود.
این نوع اختلال مزمن یا عود کننده است.
اختلال هیجانی پیامد فرایندهای فراشناختی است که به شکل گیری سبک های تفکر خاصی منجر می شوند و فرد را در وضعیتهای طولانی مدت و عود کننده پردازش منفی اطلاعات مربوط به خود گرفتار می سازند.
به طور کلی، درمان فراشناختی با عواملی سروکار دارد که منجر به تفکر پایدار و مقابله ی نامناسب می شوند.
در درمان شناختی - رفتاری فرض بر این است که تفسیرهای غلط فرد از رویدادها، از باورهای او نشأت می گیرند، اما باورهای مورد تأکید، در حیطه ی شناختی متداول و معمول قرار دارند.
این باورها شامل باورهایی از قبیل «جهان خطرناک است» و «من بی کفایتم» هستند. در درمان فراشناختی این باورها، فرآورده های فراشناختها محسوب می شوند که به الگوهای توجه و تفکر خاصی منجر می شوند که به طور مکرر این عقاید را باز تولید می کنند، یا فرد را در دام آنها گرفتار می سازند.
دلالت عملی این مسئله آن است که فراشناختها و الگوهای تفکر باید در فرایند درمان تغییر یابند، زیرا این عوامل علت اصلی باورهای منفی پایدار یا شناختهای معمولی هستند.
درمانگران فراشناختی، باورها یا طرحوارههای مطرح شده در درمان شناختی - رفتاری را به عنوان موضوعات پایداری که باید حذف شوند، در نظر نمی گیرند، بلکه آنها را فراوردههای فرایند تفکر قلمداد می کنند.